Может ли работодатель задним числом установить часть зарплаты в виде стимулирующих надбавок и доплат?

Нет, это недопустимо.

В соответствии с трудовым законодательством зарплата работника состоит из таких частей:

1. Тарифная ставка, оклад (должностной оклад).

2. Стимулирующие выплаты. К стимулирующим выплатам относятся премии (например, квартальная премия или премия за достижение результатов в работе); надбавки и доплаты стимулирующего характера (за учёную степень, по выслуге лет и др.); прочие поощрительные выплаты, предусматриваемые системой оплаты труда, действующей в конкретной организации.

3. Компенсационные выплаты. Сюда относятся выплаты за работу в опасных и вредных условиях труда, в особых климатических условиях, за работу в условиях, отклоняющихся от нормальных, за работу с информацией, составляющей государственную тайну, иные выплаты, предусматриваемые системой оплаты труда.

Информация о системе оплаты труда, размере зарплаты и её отдельных частей – существенные условия трудового договора, изменение которых возможно только с согласия работника (ст. 72 ТК РФ). Как правило, такая информация отражается в трудовом договоре при его заключении с работниками, но может быть включена и в процессе работы с обязательным уведомлением работников под подпись об изменении условий оплаты труда. Соответствующие положения закреплены в ч. 2 ст. 22.1, ч. 2, 3 ст. 57, ч. 1 ст. 312.2 и других нормах ТК РФ.

Таким образом, внесение изменений задним числом в трудовой договор, коллективный договор и локальные акты организации недопустимо.